Het uiteenvallen van Joegoslavië begon in de zomer van 1991, toen eerst de Republiek Slovenië en vervolgens Republiek Kroatië aankondigden uit de federatie te stappen. In navolging van hen zette ook Bosnië-Herzegovina de stap naar onafhankelijkheid. In deze republiek werd een referendum georganiseerd, waarbij een duidelijke meerderheid zich uitsprak voor onafhankelijke Republiek Bosnië en Herzegovina. Kort daarna werd haar onafhankelijkheid geaccepteerd door tal van landen. Op 22 mei 1992 werd Bosnië-Herzegovina ook geaccepteerd als lid van de Verenigde Naties (VN). Romp-Joegoslavië, met Servië als kern, legde zich daar echter niet bij neer. Met de hulp van het Joegoslavisch/Servische leger (JNA) en paramilitaire groepen, zette de Servische leider Slobodan Milosevic de aanval in tegen Slovenië en Kroatië. In de lente van 1992 begon ook een militaire campagne tegen Bosnië en Herzegovina.

In Slovenië is relatief kort gevochten. In de overige deelrepublieken die zich los hadden gemaakt van Joegoslavië zetten Milosevic en zijn medestanders een campagne van etnische zuivering in tegen allen van niet-Servische afkomst. Eigendommen werden afgepakt en land afgenomen. Ook vond in de loop van de oorlog de ergste misdaad tegen burgers en ontwapende militairen sinds de Tweede Wereldoorlog plaats: de genocide op de Bosniakken, de Bosnische moslimbevolking in met name de omgeving van Srebrenica. 

Aan het begin van 1993 bevindt Srebrenica zich in een zeer moeilijke positie. Op een oppervlakte van 140 km2 moesten 40.000 mensen overleven in onmogelijke omstandigheden, terwijl ze waren verdreven uit hun huizen, geen eten hadden, en ook nog eens verzwakt en verstoken van medische zorg waren. Daarnaast waren ze blootgesteld aan agressie en aanvallen van Servische eenheden uit Bosnië en naburig Servië. Om de burgerbevolking te beschermen, werd op 16 april 1993 in de Veiligheidsraad van de VN resolutie 819 aangenomen. Hiermee werden 2 enclaves uitgeroepen tot “safe areas” in het oosten van Bosnië-Herzegovina, Srebrenica en Žepa. In het eerste jaar van de oorlog waren in Srebrenica zo’n 1500 burgers en leden van het reguliere leger (dat de stand verdedigde) gesneuveld. Op 18 april 1993 kwam het eerste bataljon Canadese soldaten onder de vlag van de VN om de Bosniërs te helpen beschermen tegen de Serviërs. In februari 1994 werd het Canadese bataljon afgelost door de Nederlandse Dutchbat, die tot de val van Srebrenica in het gebied zou blijven.

In de veronderstelling dat de internationale gemeenschap niet daadkrachtig zou reageren op een aanval op de safe areas, zetten Servische troepen in juli van 1995 de aanval in op Srebrenica en Žepa. Bevelhebber was Ratko Mladić. De Servische inschatting bleek juist. In slechts een paar dagen tijd voltrok zich een tragedie in en rondom Srebrenica. In de middag van 11 juli vielen Servische troepen Srebrenica binnen en voor ogen van internationale gemeenschap en haar strijdkrachten werden vrouwen, kinderen, ouderen en zwakken gedeporteerd naar Kladanj, dat onder bewind van het Bosnische leger stond. Alle mannen ouder dan 12 jaar en soms ook jonger, samen met een aantal vrouwen, werden in de buurt van de VN basis (Potočari) afgezonderd en afgevoerd in onbekende richting.

Omdat men wist wat hen te wachten stond, vertrokken alle mannen die konden, evenals een aantal vrouwen onder hen, naar de stad en vluchtten via het bos zo ver mogelijk van Srebrenica vandaan. Ongeveer 12.000 mensen vluchtten richting Tuzla, zo’n 100 kilometer verderop. Deze stad stond onder het bewind van het Bosnische leger. Iedereen die het niet lukte om door het bergachtige, vijandige gebied heen te komen, werd gevangen genomen, gemarteld en uiteindelijk afgeschoten, samen met de mannen die eerder al vanuit Potočari waren gedeporteerd. De gevangenen werden afgevoerd naar locaties in het oosten van Bosnië, waar ze in groepen waren gefusilleerd door Servische militairen en politie-eenheden. De grootste massa-executies vonden plaats rond half juli 1995. In totaal zijn meer dan 8.372 Bosniakken geëxecuteerd. Daarmee is dit de grootste genocide op het Europese continent sinds de Tweede Wereldoorlog. Lichamen werden gedumpt in moeilijk bereikbare massagraven. Deze lijken zijn later opgegraven, om op andere plekken weer te worden gedumpt. Dit gebeurde in een poging om al het bewijs te vernietigen, om de misdaad te verbergen. Tijdens de latere opgraving van deze graven en de identificatie van de slachtoffers, zijn de overblijfselen van velen verspreid over verschillende graven gevonden.

De deportatie van de niet-Servische burgerbevolking uit Srebrenica, het martelen van hen, de executies van mannen en andere liquidaties zijn veroordeeld door het Internationale Strafhof en betiteld als genocide. Dat gebeurde op 26 februari 2007 in Den Haag in de zaak van Bosnië-Herzegovina tegen SR Joegoslavië (Servië en Montenegro). De genocide in Srebrenica is ook bevestigd en erkend in verschillende uitspraken bij het Internationale Strafhof tegen Radovan Karadžić, Ratko Mladić, Radislav Krstić, Ljubiša Beara, Vujadin Popović en anderen.

Met verschillende resoluties over Srebrenica heeft het Europese Parlement de genocide veroordeeld en alle lidstaten aanbevolen hetzelfde te doen. Daarnaast is 11 juli aangewezen als dag van herinnering aan de slachtoffers van de genocide in Srebrenica. Een aantal landen, zowel in EU als daarbuiten, heeft dit ook gedaan. In deze landen staat 11 juli in het teken van de slachtoffers van de genocide.